Op het Gymnasium Juvenaat werken we met drie afdelingen: leerjaar 1 en leerjaar 2 (de onderbouw), leerjaar 3 en leerjaar 4 (de middenbouw), leerjaar 5 en leerjaar 6 (de bovenbouw).

Elke afdeling heeft een afdelingscoördinator, die verantwoordelijk is voor het reilen en zeilen van de leerlingen en de direct leidinggevende is van de mentoren en docenten die onder zijn afdeling vallen. 

De teams van de verschillende afdelingen komen regelmatig bij elkaar. Tijdens het afdelingsoverleg wordt alles besproken wat op de afdeling speelt en worden onderwijskundige ontwikkelingen, zowel specifiek voor die afdeling als ook schoolbrede ontwikkelingen, met elkaar gedeeld.