Op het Gymnasium Juvenaat werken we met twee afdelingen: leerjaar 1, 2 en 3 (de onderbouw), leerjaar 4, 5 en 6 (de bovenbouw).

De teams van de verschillende afdelingen komen regelmatig bij elkaar. Tijdens het afdelingsoverleg wordt alles besproken wat op de afdeling speelt en worden onderwijskundige ontwikkelingen, zowel specifiek voor die afdeling als ook schoolbrede ontwikkelingen, met elkaar gedeeld.